Was Du da mit WinSCP fabrizierst, weiß ich nicht. Jedoch ist da einfach ALLES falsch, es ergibt schlichtweg keinen Sinn.
Mit Linux wirst du es mit deinen jetzigen Kenntnissen vielleicht in zehn Jahren schaffen.
Wenn du sagst das du Windows hast, musst du nur die *.bat über den Remote Desktop mit einem Doppelklick ausführen und fertig.